公司药学学科在全国学科评估中长期保持高位稳定，药物化学为威廉希尔药学一级学科下的核心二级学科，是公司历史最悠久的传统优势学科，1956年开始招收研究生，是我国批准的第一批硕士点（1981年）和第二批博士点（1984年），设有博士后流动站（1991年），获批辽宁省级重点学科（1996年起）。

药物化学以创新药物研发为目标，研究内容涵盖新药研发的靶标确认、活性分子智能设计、合成、构效关系、生物学活性、作用机制和成药性研究，以及天然活性成分的结构修饰及全合成、药物合成工艺设计与优化等。

药物化学学科拥有“基于靶点的药物设计与研究”教育部重点实验室、教育部“天然活性物质的结构改造与类药性研究”创新团队、辽宁省“兴辽英才计划”高水平创新创业团队、辽宁省高校黄大年式教师团队和辽宁省创新药物与临床转化专业技术创新中心，建有省级重点实验室3个、校企合作实验室9个。学科现有博士生导师23人、硕士生导师21人。团队中有“国家百千万人才工程”国家级人选1人、全国创新争先奖获得者1人、国家科学技术进步二等奖获得者1人、国务院政府特殊津贴专家3人、国家中青年突出贡献专家1人、全国模范教师1人、全国优秀科技工作者1人，获得省级以上荣誉称号及奖项70余人次。

近年来，累计承担和完成“863”计划、重大科技专项等国家级科研项目60余项，省市级项目150余项，签约横向课题300余项。科研成果在Acta Pharm. Sin. B、J. Med. Chem.、Eur. J. Med. Chem.等药物化学领域权威期刊发表研究论文数百篇，保持较高的学术影响力。学科致力于科研成果转化，已开发一类新药成果6项，4项转让合同额超亿元，开发适应症涵盖哮喘、肿瘤、阿尔茨海默症、糖尿病肾病、高尿酸血症等不同领域，推动了相关领域的创新药物研发。