制药工程学科于1993年获得硕士学位授予权，2006获得博士学位授予权。学科成员主要由药物化学教研室和制药过程工程教研室的专业教师构成。制药工程学科现有教授17人，副教授3人，博导14人。获国务院政府特贴3人，国家中青年突出贡献专家1人，辽宁省特聘教授4人，辽宁省教学名师5人，辽宁省百千万人才工程百人层次8人。

学科教师作为主体成员组建了“基于靶点的药物设计与研究”教育部重点实验室、“天然活性物质结构改造与类药性研究”教育部创新团队， 辽宁省高校“药物分子合理设计与制备关键技术创新平台”，组建了沈阳市“绿色原料药智能制造研究”实验室，在创新药物研究和人才培养等方面具有较高知名度和影响力，具备承担各级重大科研任务的能力和经验。研究内容主要包括药物及其重要中间体的合成工艺优化与中式研究（合成方法、提取方法或生物技术）、药物生产过程的相关工程问题研究、药物的分离纯化技术研究、药物制备过程的工程技术研究、制药设备和原理研究、药物制剂技术和新剂型研究、纳米药物与制剂工程、药物（天然产物）分离与纯化技术及药物制备新技术的开发与应用等。

制药工程学科近几年发表SCI收录论文426篇，其中发表在 Journal of Medicinal Chemistry, Chemical Communications, Organic Letters, Journal of Naturial Product等影响因子较高的国外期刊上文章占SCI文章的三分之一以上。 获发明专利授权176项。 同时与国外一些知名大学和研究所开展国际科研合作、共同承担一系列国际交流合作项目，支持科研人员参加国内外学术交流活动，主办或协办一些高水平的学术会议，并且定期邀请国内外知名专家学者来校讲学和开展合作研究，稳步提高学科的知名度和学术影响力。